在实际应用的过程中，国内常见IGBT式加热电源的缺陷和问题主要表现为：长时间应用后工作效率降低、电能和冷却水消耗大；功率元件IGBT非常容易损坏；电抗器或输出变压器容易损坏；冷却水回路容易发生故障；加热电源整机功率因数较低、谐波污染大；设备可靠连续运行性能欠佳。
以上这些问题之所以会在运行的过程中出现，其最主要是的原因还是在设计上存在缺陷而所致的。现在我们就针对这些问题进行其原因的进一步探讨。首先是电能和冷却水消耗比较大的问题，由于IGBT、电抗器、输出变压器、谐振电容器均采取水冷结构，不仅损耗较大、效率较低，冷却水消耗大，而且容易发生因为铜管结垢堵塞导致器件烧毁，也容易发生漏水导致故障范围扩大等问题。且由于水路并联支路很多，系统无法保证每一支路均具有断水保护功能。
而IGBT功率元件容易出现损坏问题，则是由于模拟式控制电路不能适应各种变化工况，使得功率元件IGBT脱离过零软开关状态，因此开关损耗增加并导致功率元件IGBT损坏。脉宽调制型(无斩波调压)产品采用软开通、硬关断或带缓冲的硬关断电路，因此IGBT损耗大，且这种方式容易脱离软开关状态导致 IGBT损坏。
在IGBT式加热电源的运行过程中，输出变压器和电抗器也很容易受到损害。这二者出现故障或损坏原因则是由于设备在过压、过载、感应圈短路或部分短路、功率元件过热等情况下控制电路不能起到有效限制和保护作用，这种条件下很容易导致电抗器或输出变压器容易受到损坏。并联谐振方式的设备容易发生逆变单元过压而损坏器件。整流后直接采用大容量电力电容滤波，无滤波电感或直流侧IGBT斩波电路，因此功率因数低，输入电流谐波大。