具体操作步骤如下：
1.在QuartusII中打开工程，然后编译链接，生成JTAG配置文件.sof；
2.选择File->Convert Programming Files，调出Convert Programming Files对话框；
3.Output programming file对话栏内，Programming file type选择JTAG Indirect Configuration File(.jic)；
4.Configuration device选择你所使用的配置芯片，如EPCS16；
5.File name填写输出文件的名字，如output_file.jic；
6.Input files to convert对话栏内，选中Flash Loader，点击Add Device按钮，在弹出对话框中选择你的FPGA芯片，如EP2C35；
7.选中SOF Data，点击Add File按钮，在弹出的资源浏览器中找到并选中编译生成的.sof文件，点击打开按钮；
8.点击Generate按钮生成output_file.jic文件；
9.打开Programmer对话框，选择JTAG模式；
10.点击Add File按钮，选择output_file.jic文件，并在Program/Configure复选框上打勾；
11.确定链接好JTAG电缆后，点击Start，QuartusII会先配置FPGA，然后再有FPGA烧写配置芯片。
利用这种方法可以在不使用AS接口的情况下完成对配置芯片的烧写，缺点是配置过程时间稍长，且每次配置完之后，要将板卡断电后重新加电，程序才能开始运行。