AVR单片机在同一个优先级中,中断向量入口地址越低,其优先级越高。AVR单片机在响应中断以后,会禁止系统响应其余中断。如果程序需要在某个中断服务程序中响应其它中断事件,可以在该中断服务程序中用SEI指令或_SEI()(IAR)、 SEI()(ICCAVR)重新使能全局中断即可。否则,AVR单片机只有在退出中断进程时,才重新使能全局中断。
AVR(至少是ATmega16)单片机采用固定的硬件优先级方式，不支持通过软件对中断优先级重新设定。
AVR有不同的中断源。每个中断和复位在程序空间都有独立的中断向量。所有的中断事件都有自己的使能位。当使能位置位，且状态寄存器的全局中断使能位I 也置位时，中断可以发生。根据程序计数器PC 的不同，在引导锁定位BLB02 或BLB12 被编程的情况下，中断可能被自动禁止。这个特性提高了软件的安全性。详见 P247“ 存储器编程” 的描述。
程序存储区的最低地址缺省为复位向量和中断向量。完整的向量列表请参见 P43“中断”。列表也决定了不同中断的优先级。向量所在的地址越低，优先级越高。RESET 具有最高的优先级，第二个为INT0 – 外部中断请求0。通过置位MCU 控制寄存器 (MCUCR) 的IVSEL，中断向量可以移至引导Flash的起始处。编程熔丝位BOOTRST也可以将复位向量移至引导Flash的起始处。具体参见P234“支持引导装入程序 – 在写的同时可以读(RWW,Read-While-Write) 的自我编程能力”。
任一中断发生时全局中断使能位I 被清零，从而禁止了所有其他的中断。用户软件可以在中断程序里置位I 来实现中断嵌套。此时所有的中断都可以中断当前的中断服务程序。执行RETI 指令后I 自动置位。
从根本上说有两种类型的中断。第一种由事件触发并置位中断标志。对于这些中断，程序计数器跳转到实际的中断向量以执行中断处理程序，同时硬件将清除相应的中断标志。中断标志也可以通过对其写”1” 的方式来清除。当中断发生后，如果相应的中断使能位为“0”，则中断标志位置位，并一直保持到中断执行，或者被软件清除。类似的，如果全局中断标志被清零，则所有已发生的中断都不会被执行，直到I 置位。然后挂起的各个中断按中断优先级依次执行。
第二种类型的中断则是只要中断条件满足，就会一直触发。这些中断不需要中断标志。若中断条件在中断使能之前就消失了，中断不会被触发。
AVR 退出中断后总是回到主程序并至少执行一条指令才可以去执行其他被挂起的中断。要注意的是，进入中断服务程序时状态寄存器不会自动保存，中断返回时也不会自动恢复。这些工作必须由用户通过软件来完成。
使用CLI 指令来禁止中断时，中断禁止立即生效。没有中断可以在执行CLI 指令后发生，即使它是在执行CLI 指令的同时发生的。