1）首先设置熔丝位，打开JTAG功能，如下图。使用USB ISP下载器写入熔丝。
2）硬件连接
（a）10芯线一端接核心板的JTAG口
（b）10芯线另一端接仿真器JTAG
（c）JTAG串口接串口线，串口线的另一头接电脑。
（d）打开电源开关，接着下面的操作
3）仿真调试
我们用 AVR Studio 仿真时，用到的是 .elf 文件。点击上图中的Open,随便打开一个.elf 文件。
或点击Cancel，从 File-Open File打开。如图：
选择main.elf后点击“打开”，出现：
点击“保存”，出现：
点击“是”或“否”都行，点击“是”重新建一个工程文件main-elf.aps，点击“否”，不替换原来的工程文件。点击“是”，软件弹出设置器件及仿真模式窗口：
此处是AVR JTAG硬件仿真。所以分别选择：调试模式为JTAG ICE、芯片型号为ATmega16、端口为Auto。点击“Finish”进入下一步。
说明：
如果出现如下界面，问题原因：PC机与AVR JTAG仿真器连接不成功。问题出在PC 与AVR仿真器之间，查看串口连接是否正确、AVR仿真器是否上电，COM口是否在0-4之间。如果没有上点，打开开发板电源，等到JTAG仿真器上的灯停止闪烁后，点击Retry,此时就能显示上图正确的界面了
说明：
如果出现如下界面，问题原因：AVR JTAG仿真器与目标芯片连接不成功。问题出在AVR JTAG仿真器与目标芯片之间，查看JTAG接口是否正确、AVR芯片是否打开JTAGEN熔丝位。
出现如上界面，需正确设置熔丝位。此时得用USB-ISP编程器连接好开发板和电脑，在光盘中的USB-Isp下载软件progisp下打开“下载软件” 进行熔丝位配置，确认学习板熔丝JTAG打开
在位配置方式下，如下图，0表示打开，1表示关闭，配置如下：
在向导方式下，如下图，打开使能JTAG接口（使能JTAG接口划勾为打开）
经过上面步骤，如果硬件连接没有问题，点击三下“Select”,会进入正式仿真界面，如下图：
中间是我们的程序，右边是我们的寄存器列表
AVR STUDIO 常用工具栏：
标准工具栏：
标准工具栏从左到右分别表示：
创建一个空文本文件
打开一个已有的文本文件
保存当前文本文件
保存工程
重装目标文件
从文本文件中剪切
从文本文件中复制
粘贴到文本文件中
打印文本文件
在文件中查找
调试工具栏：
调试工具栏从左到右分别表示：
运行调试器
停止调试器
复位调试器
退出调试器
显示下一个语句
单步运行 (F11)
跳过运行 (F10)
跳出运行 (Shift+F11)
运行到光标处 (Ctrl+F10)
单步自动运行(单步持续运行直到暂停)
设置/取消断点
清除所有断点
快速查看
调试窗口工具栏：
调试窗口工具栏从左到右分别表示：
打开/关闭查看窗口
打开/关闭寄存器窗口
打开/关闭存储器窗口
打开/关闭跟踪-窗口
打开/关闭反汇编窗口
调试工具栏详解：
调试控制栏可以控制程序的执行状态，所有的调试控制都可以由菜单，快捷键和调试工具栏实现。下面详细说明调试工具栏里面的每个按钮，这个是仿真过程中最常用最基础的部分。
开始调试（Start Debugging）
此命令将启动调试模式，并使所有的调试控制命令处于有效。通常在调试模式下不能编辑程序。此命令将连接调试平台，装载目标文件并执行复位操作。
停止调试（Stop Debugging）
此命令将停止调试过程，并断开与调试平台的连接，进入编辑模式.
复位（Reset）(SHIFT+F5)
此命令可以让目标程序复位。当程序正在运行时，执行此命令的话程序将停止运行。如果用户是在源级模式中，程序会在复位完成后，继续运行直到第一条用户的源代码语句处。复位命令执行后，所有窗口中的信息都将更新。
运行（Run）(F5)
调试菜单中的运行命令将启动(重启动)程序。程序将一直运行直到被用户停止或遇到一个断点。只有当程序处于停止运行状态时才能执行此命令。
暂停（Break）(CTRL-F5)
调试菜单中的暂停命令将停止程序运行。当程序停止时，所有窗口中的信息都将更新。只有当程序处在运行状态时才能执行此命令。
单步执行（Single step, Trace Into）(F11)
调试菜单中的跟踪命令将控制程序只执行一条指令。当 AVR Studio 是在源代码级模式时，可执行一条源代码语句。当在反汇编级模式时,可执行一条反汇编指令。当指令执行完成后，所有窗口中的信息都将更新。
跳过执行（Step Over）(F10)
调试菜单中的跳过执行命令只执行一条指令。如果此条指令包含一个函数调用/子程序调用，该函数/子程序也会同时执行。如果在跳过执行命令中遇到用户设置的断点，程序运行将被挂起。在跳过执行命令执行完毕后，所有窗口中的信息才会被更新。
跳出（Step Out）(SHIFT+F11)
调试菜单中的跳出命令会使程序一直运行，直到当前函数结束。如果遇到用户设置的断点，程序运行将被挂起。当程序处在最外层（如主函数）时，此时执行跳出命令，程序将继续运行，直到遇到一个断点或被用户停止。在该命令执行完成后，所有窗口中的信息都将更新。
运行到光标处（Run To Cursor）(F7)
调试菜单中的运行到光标处命令，将使程序运行到源代码窗口中光标指示的语句处停止。此时如果遇到用户的断点，程序的运行将不会被挂起。如果程序运行永远达不到光标指示处的语句，程序将一直继续运行，直到被用户停止。当此命令结束后，所有窗口中的信息都将更新。由于此命令是与光标位置有关，所以只有当源代码窗口激活时才有效。
自动运行（Auto Step）
调试菜单中的的自动运行命令将重复执行跟踪指令。当 AVR Studio 处在源代码级模式时，每次执行一条源指令，处在反汇编级模式时，每次执行一条汇编指令，随后所有窗口中的信息都将更新，接者自动执行下一条语句或指令。使用自动运行命令时，程序的运行将一直持续的单步运行，直到遇到一个用户设置的断点或被用户停止。
设置下条开始运行的语句（Set next statement）
使用此条指令,你可以在程序任何位置的可执行语句处设置一个黄色标签：用鼠标指定一条可执行的语句后选择该命令。下一条调试命令将从带有标记的语句开始运行。
显示下条语句（Show next statement）
将含有黄色标记指定的语句所在的窗口作为当前有效窗口，窗口显示内容以该语句为焦点。