Protel99 SE的混合信号电路仿真引擎现在与3F5完全兼容，支持所有标准的SPICE模型。电路仿真支持包含模拟和数字元件的设计。SimCode（类C语言）用于描述数字元件的描述。
Protel99 SE提供了大量的仿真用元件，每个都链接到标准的SPICE模型。5800个仿真用元件分别在Sim.Ddb数据库的28个库中。
在Protel99 SE中执行仿真，只要简单地从仿真用元件库中放置所需的元件，连接好原理图，加上激励源，单击仿真。
提示：通用元件、电压和电流源，在Sim.Ddb的仿真模型库中。
打开“Bandpass Filter.ddb”设计数据库，找到“Design Explorer 99SEExamplesCircuit Simulation”文件夹。点击交流信号分析“~”，输入输出波行将显示到界面上。将鼠标放到“OUT”上，击鼠标右键，选择“View Single Cell”菜单，观看单一的输出波形。激活原理图设计窗口，选择“View”下的“Fit All
Objects”选项，使图形全屏显示，找到元件“C1”，并双击此元件，这个元件的类型和属性对话框将出现，将”Part”设置为0.2uF，然后重复上述操作，设置“C2”器件。选择“Simulate”下的“Setup”菜单，在“General”对话框上选择“Keep Last Setup”，然后运行分析菜单“Run Analyses”，波形将被改变。