Nios II集成开发环境(IDE)是Nios II系列嵌入式处理器的基本软件开发工具。所有软件开发任务都可以Nios II IDE下完成，包括编辑、编译和调试程序。Nios II IDE提供了一个统一的开发平台，用于所有Nios II处理器系统。仅仅通过一台PC机、一片Altera的FPGA以及一根JTAG下载电缆，软件开发人员就能够往Nios II 处理器系统写入程序以及和Nios II处理器系统进行通讯。
Nios II IDE基于开放式的、可扩展Eclipse IDE project工程以及Eclipse C/C++ 开发工具（CDT）工程。
Nios II IDE为软件开发提供四个主要的功能：
(1)工程管理器
Nios II IDE提供多个工程管理任务，加快嵌入式应用程序的开发进度。
新工程向导 ——Nios II IDE推出了一个新工程向导，用于自动建立C/C++应用程序工程和系统库工程。采用新工程向导，能够轻松地在Nios II IDE中创建新工程。
软件工程模板——除了工程创建向导，Nios II IDE还以工程模板的形式提供了软件代码实例，帮助软件工程师尽可能快速地推出可运行的系统。
(2)编辑器和编译器
Altera Nios II IDE提供了一个全功能的源代码编辑器和C/C++编译器
文本编辑器——Nios II IDE文本编辑器是一个成熟的全功能源文件编辑器。这些功能包括：语法高亮显示 - C/C++、代码辅助/代码协助完成、全面的搜索工具、文件管理、广泛的在线帮助主题和教程、引入辅助、快速定位自动纠错、内置调试功能。
C/C++编译器——Nios II IDE为GCC编译器提供了一个图形化用户界面，Nios II IDE编译环境使设计Altera的Nios II处理器软件更容易，它提供了一个易用的按钮式流程，同时允许开发人员手工设置高级编译选项。
Nios II IDE编译环境自动地生成一个基于用户特定系统配置（SOPC Builder生成的PTF文件）的makefile。Nios II IDE中编译/链接设置的任何改变都会自动映射到这个自动生成的makefile中。这些设置可包括生成存储器初始化文件（MIF）的选项、闪存内容、仿真器初始化文件（DAT/HEX）以及profile总结文件的相关选项。
(3)调试器
Nios II IDE包含一个强大的、在GNU调试器基础之上的软件调试器－GDB。该调试器提供了许多基本调试功能，以及一些在低成本处理器开发套件中不会经常用到的高级调试功能。
基本调试功能——Nios II IDE调试器包含如下的基本调试功能：运行控制、调用堆栈查看、软件断点、反汇编代码查看、调试信息查看、指令集仿真器。
高级调试 ——除了上述基本调试功能之外，Nios II IDE调试器还支持以下高级调试功能：硬件断点调试ROM或闪存中的代码、数据触发、指令跟踪。
(4)闪存编程器
使用Nios II处理器的设计都在单板上采用了闪存，可以用来存储FPGA配置数据和/或Nios II编程数据。Nios II IDE提供了一个方便的闪存编程方法。任何连接到FPGA的兼容通用闪存接口（CFI）的闪存器件都可以通过Nios II IDE闪存编程器来烧结。除CFI闪存之外，Nios II IDE闪存编程器能够对连接到FPGA的任何Altera串行配置器件进行编程。