ModelSim分几种不同的版本：SE、PE、LE和OEM，其中SE是最高级的版本。而集成在 Actel、Atmel、Altera、Xilinx以及Lattice等FPGA厂商设计工具中的均是其OEM版本。
MODELSIM SE是主要版本号，也是功能最强大的版本，支持对Verilog和VHDL语言的混合仿真。除了主要版本外，Mentor公司还为各大FPGA厂商提供 OEM版本： XE是为Xilinx公司提供的OEM版，包括Xilinx公司的库文件；AE是为Altera公司提供的OEM版，包含Altera公司的库文件；在用特定公司的OEM版进行仿真时不需要编译该公司的库文件，但是仿真速度等性能指标都要落后于SE的版本。
SE版和OEM版在功能和性能方面有较大差别，比如对于大家都关心的仿真速度问题，以Xilinx公司提供的OEM版本ModelSim XE为例，对于代码少于40000行的设计，ModelSim SE 比ModelSim XE要快10倍；对于代码超过40000行的设计，ModelSim SE要比ModelSim XE快近40倍。以下列表介绍了OEM版本（以Xilinx公司提供的ModelSim XE版本为例）与ModelSim SE版本之间的差异。
ModelSim SE支持PC、UNIX和LINUX混合平台；提供全面完善以及高性能的验证功能；全面支持业界广泛的标准；Mentor Graphics公司提供业界最好的技术支持与服务。