根目录部分有以下子目录：
/usr 目录包含所有的命令、程序库、文档和其它文件。这些文件在正常操作中不会被改变的。这个目录也包含你的Linux发行版本的主要的应用程序，譬如，Netscape。
/var 目录包含在正常操作中被改变的文件：假脱机文件、记录文件、加锁文件、临时文件和页格式化文件等。
/home 目录包含用户的文件：参数设置文件、个性化文件、文档、数据、EMAIL、缓存数据等。这个目录在系统省级时应该保留。
/proc 目录整个包含虚幻的文件。它们实际上并不存在磁盘上，也不占用任何空间。（用ls –l 可以显示它们的大小）当查看这些文件时，实际上是在访问存在内存中的信息，这些信息用于访问系统
/bin 系统启动时需要的执行文件（二进制），这些文件可以被普通用户使用。
/sbin 系统执行文件（二进制），这些文件不打算被普通用户使用。（普通用户仍然可以使用它们，但要指定目录。）
/etc 操作系统的配置文件目录。
/root 系统管理员（也叫超级用户或根用户）的Home目录。
/dev 设备文件目录。LINUX下设备被当成文件，这样一来硬件被抽象化，便于读写、网络共享以及需要临时装载到文件系统中。正常情况下，设备会有一个独立的子目 录。这些设备的内容会出现在独立的子目录下。LINUX没有所谓的驱动符。
/lib 根文件系统目录下程序和核心模块的共享库。
/boot 用于自举加载程序（LILO或GRUB）的文件。当计算机启动时（如果有多个操作系统，有可能允许你选择启动哪一个操作系统），这些文件首先被装载。这个 目录也会包含LINUX核（压缩文件vmlinuz），但LINUX核也可以存在别处，只要配置LILO并且LILO知道LINUX核在哪儿。
/opt 可选的应用程序，譬如，REDHAT 5.2下的KDE （REDHAT 6.0下，KDE放在其它的XWINDOWS应用程序中，主执行程序在/usr/bin目录下）
/tmp 临时文件。该目录会被自动清理干净。
/lost+found 在文件系统修复时恢复的文件
“/usr”目录下比较重要的部分有：
/usr/X11R6 X-WINDOWS系统（version 11, release 6)
/usr/X11 同/usr/X11R6 （/usr/X11R6的符号连接）
/usr/X11R6/bin 大量的小X-WINDOWS应用程序（也可能是一些在其它子目录下大执行文件的符号连接）。
/usr/doc LINUX的文档资料（在更新的系统中，这个目录移到/usr/share/doc）。
/usr/share 独立与你计算机结构的数据，譬如，字典中的词。
/usr/bin和/usr/sbin 类似与“/”根目录下对应的目录（/bin和/sbin），但不用于基本的启动（譬如，在紧急维护中）。大多数命令在这个目录下。
/usr/local 本地管理员安装的应用程序（也可能每个应用程序有单独的子目录）。在“main”安装后，这个目录可能是空的。这个目录下的内容在重安装或升级操作系统后应该存在。
/usr/local/bin 可能是用户安装的小的应用程序，和一些在/usr/local目录下大应用程序的符号连接。
/proc目录的内容：
/proc/cpuinfo 关于处理器的信息，如类型、厂家、型号和性能等。
/proc/devices 当前运行内核所配置的所有设备清单。
/proc/dma 当前正在使用的DMA通道。/proc/filesystems 当前运行内核所配置的文件系统。
/proc/interrupts 正在使用的中断，和曾经有多少个中断。
/proc/ioports 当前正在使用的I/O端口。
举例，使用下面的命令能读出系统的CPU信息。
cat /proc/cpuinfo
/bin
bin是binary的缩写。这个目录沿袭了UNIX系统的结构，存放着使用者最经常使用的命令。例如cp、ls、cat，等等。
/boot
这里存放的是启动Linux时使用的一些核心文件。
/dev
dev是device（设备）的缩写。这个目录下是所有Linux的外部设备，其功能类似DOS下的.sys和Win下的.vxd。在Linux中设备和文件是用同种方法访问的。例如：/dev/hda代表第一个物理IDE硬盘。
/etc
这个目录用来存放系统管理所需要的配置文件和子目录。
/home
用户的主目录，比如说有个用户叫wang，那他的主目录就是/home/wang也可以用~wang表示。
/lib
这个目录里存放着系统最基本的动态链接共享库，其作用类似于Windows里的.dll文件。几乎所有的应用程序都须要用到这些共享库。
/lost+found
这个目录平时是空的，当系统不正常关机后，这里就成了一些无家可归的文件的避难所。对了，有点类似于DOS下的.chk文件。
/mnt
这个目录是空的，系统提供这个目录是让用户临时挂载别的文件系统。
/proc
这个目录是一个虚拟的目录，它是系统内存的映射，我们可以通过直接访问这个目录来获取系统信息。也就是说，这个目录的内容不在硬盘上而是在内存里。
/root
系统管理员（也叫超级用户）的主目录。作为系统的拥有者，总要有些特权啊！比如单独拥有一个目录。
/sbin
s就是Super User的意思，也就是说这里存放的是系统管理员使用的管理程序。
/tmp
这个目录不用说，一定是用来存放一些临时文件的地方了。
/usr
这是最庞大的目录，我们要用到的应用程序和文件几乎都存放在这个目录下。其中包含以下子目录：
/usr/X11R6
存放X-Window的目录；
/usr/bin
存放着许多应用程序；
/usr/sbin
给超级用户使用的一些管理程序就放在这里；
/usr/doc
这是Linux文档的大本营；
/usr/include
Linux下开发和编译应用程序需要的头文件，在这里查找；
/usr/lib
存放一些常用的动态链接共享库和静态档案库；
/usr/local
这是提供给一般用户的/usr目录，在这里安装软件最适合；
/usr/man
man在Linux中是帮助的同义词，这里就是帮助文档的存放目录；
/usr/src
Linux开放的源代码就存在这个目录，爱好者们别放过哦！
/var
这个目录中存放着那些不断在扩充着的东西，为了保持/usr的相对稳定，那些经常被修改的目录可以放在这个目录下，实际上许多系统管理员都是这样干的。顺带说一下系统的日志文件就在/var/log目录中。
总结来说：
· 用户应该将文件存在/home/user_login_name目录下(及其子目录下)。
· 本地管理员大多数情况下将额外的软件安装在/usr/local目录下并符号连接在/usr/local/bin下的主执行程序。
· 系统的所有设置在/etc目录下。
· 不要修改根目录（“/”）或/usr目录下的任何内容，除非真的清楚要做什么。这些目录最好和LINUX发布时保持一致。
· 大多数工具和应用程序安装在目录：/bin, /usr/sbin, /sbin, /usr/x11/bin,/usr/local/bin。
· 所有的文件在单一的目录树下。没有所谓的“驱动符”。
Linux下文件夹部署详解 - []/bin 指令文件 （适用于所有用户的）
/etc 系统配置文件
/sbin 指令文件 （适用于root用户的）
/home (用户主目录，新建用户后，该用户的源文件默认建立在此目录下)
/boot 内核和启动文件
/dev 设备文件，用于和地层驱动打叫道的
/usr 应用程序放置目录
/mnt 光驱
/tmp 临时文件
/root root用户主目录
/opt 空文件夹
/proc 内存中实际参数和内核的映象，此文件夹的文件不宜改动
/lib 类库，用于动态加载内核
/lost+found 恢复误删除文件
另外，用ls指令查看文件的颜色，及其意义：
蓝色为文件夹；绿色是可执行文件；浅蓝色是链接文件；红框文件是加了SUID位，任意限权；红色为压缩文件；褐色为设备文件。.开头的是隐含文件。