对于大量新型设计来说，频域分析是一种关键的调试功能。但是，频域分析必须与时域、数字信号或逻辑通道保持严密的同步。频谱分析对调试工作的价值通常取决于分析速度（更新速度），因此信号的捕捉和发现极富挑战性。此外，仪器还必须具备足够高的频域和时域灵敏度，以便能够捕捉到信号，如因电磁干扰或其它干扰所产生的频域杂散信号等微小信号。为了获得可以用来调试支持多种信号类型的复杂系统的有价值信息，必须基于时间事件、频率事件或数字码型实现精确触发。
在复杂的嵌入式系统中，通常需要同时监测时域和频域中的多个信号。尽管基带数字信号、射频信号和模拟信号是相互关联和依存的，但是基于传统的调试方法，人们常常无法描述或捕捉它们之间的关系。采用微控制器实现的RF信号反馈控制、低速串行总线、严格的时序关系，以及RF和数字信号之间电磁干扰等都是原型设计阶段令人头痛的问题。
通常可以使用数字示波器分析这些信号所产生的问题，但是大多数开发人员却试图寻找其它的仪器。虽然最终可能完成了工作，但是却花费了大量时间，还需要非常丰富经验。将模拟信号、数字信号和RF信号的测试功能整合在一台仪器中，可以降低对不同设计项目所需要的时间和专家经验。
任何信号都是关于时间和幅值的函数。因此，不仅需要捕捉信号幅值，而且还要捕捉信号如何随时间而变化。傅立叶变换是将时域函数变换成频域频谱的主要技术。该变换可以为从某个时域波形中采样的信号给出某个时间点的频谱快照。它使得瞬时频谱可以测量，从而可以测量某个信号在任何时刻的频率分量。据此，可以观察频谱随时间而发生的变化，了解什么时候存在以及什么时候不存在干扰，时域事件和频域事件之间是如何关联的。
在离散傅立叶（DFT）变换中，一定数量时域信号样点被转换成一定数量的频率样点，每一个频率样点都由时域样点通过算法函数计算得出。快速傅立叶（FFT）变换是一种实现离散傅立叶变换的高效方法。该方法类似于离散傅立叶变换，可以将一定数量的离散采样变换至频域。示波器通常利用快速傅立叶变换的采样技术，将时域采样变换至频域。
大多数现代示波器实现的传统快速傅立叶变换方法存在一个限制，尽管人们只对一部分频率范围感兴趣，但是，FFT的计算过程是针对整个采样信息进行的。这种计算方法效率低下，使得整个过程速度较慢。数字下变频（DDC）解决了这一问题，其方法是将目标频带宽度下变频至基带并以较低采样率对其重新采样，实现了在小得多的记录长度上进行快速傅立叶变换。因此，其计算速度更快、更加接近实时性能，也具备更高灵活性。这种灵活性通常可以转变成多域调试应用中所要求的功能。除此之外，由于实际变换是在基带频率上完成的，因此，这种方法还可以实现过采样的优点。这进一步改善了在目标频带宽度上的信噪比。
由于FFT频谱产生于原始的时域信号，因此通过对同一信号进行时间和频率上的分析，可以获得大量的有用信息。某个信号在时域中可能是稳定和正确的，在频域分析时可以发现噪声变大、未知的杂散信号以及其他在时域分析中不易发现的异常事件。在某些示波器上还可以使用时域选通分析功能。借助该功能，可以实现更强大的检测功能。通过选通方式进行FFT变换或者限制在某个时间记录的特定位置作FFT，可以在指定的时间点观察傅立叶变换，从而有助于确定产生问题的时间点。获得了干扰信号的周期或频率之后，可以更加准确、快速排除差错或者故障。
最后需要指出的是，不将频谱分析限制在某个特定单一通道上通常也是非常重要的。某些情况下，事件可能影响多个通道的信号，对多个通道同时进行频谱分析可以提供更多的测试信息。如在时间上相互关联的被干扰信号和干扰信号的频谱分析视图可以为问题分析提供有力证据。