1.按逻辑功能块的大小分类
可编程逻辑块是FPGA的基本逻辑构造单元。按照逻辑功能块的大小不同，可将FPGA分为细粒度结构和粗粒度结构两类。
细粒度FPGA的逻辑功能块一般较小，仅由很小的几个晶体管组成，非常类似于半定制门阵列的基本单元，其优点是功能块的资源可以被完全利用，缺点是完成复杂的逻辑功能需要大量的连线和开关，因而速度慢；粗粒度FPGA的逻辑块规模大，功能强，完成复杂逻辑只需较少的功能块和内部连线，因而能获得较好的性能，缺点是功能块的资源有时不能被充分利用。
近年来随着工艺的不断改进，FPGA的集成度不断提高，硬件描述语言(HDL)的设计方法得到了广泛应用。由于大多数逻辑综合工具是针对门阵列的结构开发的，细粒度的FPGA较粗粒度的FPGA可以得到更好的逻辑综合结果，因此许多厂家开发出了一些具有更高集成度的细粒度FPGA，如Xilinx公司采用MicroVia技术的一次编程反熔丝结构的XC8100系列，GateField公司采用闪速EPROM 控制开关元件的可再编程GF100K系列等，它们的逻辑功能块规模相对都较小。
2.按互连结构分类
根据FPGA内部的连线结构不同，可将其分为分段互连型和连续互连型两类。
分段互连型FPGA中有不同长度的多种金属线，各金属线段之间通过开关矩阵或反熔丝编程连接。这种连线结构走线灵活，有多种可行方案，但走线延时与布局布线的具体处理过程有关，在设计完成前无法预测，设计修改将引起延时性能发生变化。
连续互连型FPGA是利用相同长度的金属线，通常是贯穿于整个芯片的长线来实现逻辑功能块之间的互连，连接与距离远近无关。在这种连线结构中，不同位置逻辑单元的连接线是确定的，因而布线延时是固定和可预测的。
3.按编程特性分类
根据采用的开关元件的不同，FPGA可分为一次编程型和可重复编程型两类。
一次编程型FPGA采用反熔丝开关元件，其工艺技术决定了这种器件具有体积小、集成度高、互连线特性阻抗低、寄生电容小及可获得较高的速度等优点；此外，它还有加密位、反拷贝、抗辐射抗干扰、不需外接PROM或EPROM等特点。但它只能一次编程，一旦将设计数据写入芯片后，就不能再修改设计，因此比较适合于定型产品及大批量应用。
可重复编程型FPGA采用SRAM开关元件或快闪EPROM控制的开关元件。FPGA芯片中，每个逻辑块的功能以及它们之间的互连模式由存储在芯片中的SRAM或快闪EPROM中的数据决定。SRAM型开关的FPGA是易失性的，每次重新加电，FPGA都要重新装入配置数据。SRAM型FPGA的突出优点是可反复编程，系统上电时，给FPGA加载不同的配置数据，即可令其完成不同的硬件功能。这种配置的改变甚至可以在系统的运行中进行，实现系统功能的动态重构。采用快闪EPROM控制开关的FPGA具有非易失性和可重复编程的双重优点，但在再编程的灵活性上较SRAM型FPGA差一些，不能实现动态重构。此外，其静态功耗较反熔丝型及SRAM型的FPGA高。