AVR单片机内部有多组与器件配置和运行环境相关的的熔丝位，这些熔丝位非常重要，用户可以通过设定和配置熔丝位使AVR单片机局部不同的特性，以更加适合实际应用。但是由于需要对熔丝位进行配置，给初学者带来一些不太好理解的地方，对于单片机解密以后，在烧录程序的时候，也要对熔丝位配置，如果配置不对了，可能不工作或功能发生变化。所有在烧录解密后的文件的时候一定要对熔丝位进行配置，由于支持AVR的工具非常多，而不同的工具的软件的界面不同，所以在做AVR单片机解密前最好告诉解密公司自己使用的是什么工具，让芯片解密公司按照自己的工具的界面做配置图，这样就方便了解密以后去烧写程序，不过自己也可以用解密公司提供的样片去读熔丝位配置，有的工具直接读芯片就可以，有的是读配置等等，然后将读出的配置保存。
如果是刚出厂的单片机，默认的是使用内部1MHZ的RC振荡作为系统时钟，而且JTAG口处于允许方式。对于AVR熔丝位要起码要明确以下几点。
AVR熔丝可以多次编程，不是一次性的OTP熔丝。
熔丝位的配置可以通过并行方式、ISP方式和JTAG串行方式实现。
AVR芯片加密锁定后(LB2/LB1=1/0,0/0)不能通过任何方式读取芯片内部FLASH和EEPROM中的数据，但熔丝位的状态任然可以读取，只是不能修改配置。
芯片擦除命令是将FLASH和EEPROM中的数据清除，并同时将两位锁定位状态配置成无锁定状态(LB2/LB1=1/1),但芯片擦除命令并不改变其他熔丝位的状态。
下载编程的正确步骤是：在芯片无锁定状态下对芯片下载运行代码和数据，配置相关熔丝位，最后配置芯片的加密位置。
芯片被加密锁定后，如果发现熔丝位及配置不对，则必须使用芯片擦除命令，清除芯片中的数据，解密加密锁定，然后重新下载运行代码和数据，修改配置相关的熔丝位，最后再次配置芯片的加密锁定位。
需要非常明确的指出一点的是SPIEN位，很多客户曾经电话咨询过，说是我们提供的单片机用ISP连接不上，而自己买来的可以，熔丝为的SPIEN就是配置ISP的，如果SPIEN为1，ISP是允许状态，如果是0则为禁止状态，如果是禁止状态当然是无法ISP连接口芯片的。
另外比较重要的是BOOTRST位，这一位的设置关系到芯片上电后程序从0X0000开始执行还是从 BOOT区开始执行。而系统时钟源的选择也非常重要，解密后的程序客户烧写的时候经常不好用，打部分是由于时钟源没有设置对的原因，所以系统时钟一定按照原来的设置。