1。TopLayer、BottomLayer、MidLayerx，这几层是用来画导线或覆铜的（当然还有TopLayer、BottomLayer的SMT贴片器件的焊盘PAD）；
2。Top Solder、Bottom Solder、Top Paste、Bottom Paste，这四层是与穿越两层以上器件PAD相关的；一般Paste层留的孔会比焊盘小（Paste表面意思是指焊膏层，就是说可以用它来制作印刷锡膏的钢网，这层只需要露出所有需要贴片焊接的焊盘，并且开孔可能会比实际焊盘小）；然后，要往PCB版上刷绿油（阻焊）吧，这就是Solder层，Solder层要把PAD露出来吧，这就是我们在只显示Solder层时看到的小圆圈或小方圈，一般比焊盘大（Solder表面意思是指阻焊层，就是用它来涂敷绿油等阻焊材料，从而防止不需要焊接的地方沾染焊锡的，这层会露出所有需要焊接的焊盘，并且开孔会比实际焊盘要大）；这几层一般为黄色（铜）或白色（锡）；
3。Top Overlay、Bottom Overlay，丝印层，PCB表面的文字或电阻电容符号或器件边框等，一般为白色；
4。Keepout，画边框，确定电气边界；
5。Mechanical layer，真正的物理边界，定位孔的就按照Mechanical layer的尺寸来做的，但PCB厂的工程师一般不懂这个。所以最好是发给PCB厂之前将keepout layer层删除；
6。Multi Layer，贯穿各层的，像过孔（到底层或顶层的过孔VIA也有Solder和Paste）；
7。Drill guide、Drill drawing，不太清楚，好像是钻孔用的吧；
由Protel2004产生的Gerber文件各层扩展名与PCB原来各层对应关系表:
Layer : File extension
-------------------------
顶层Top (copper) Layer : .GTL
底层Bottom (copper) Layer : .GBL
中间信号层Mid Layer 1, 2, ... , 30 : .G1, .G2, ... , .G30
内电层Internal Plane Layer 1, 2, ... , 16 : .GP1, .GP2, ... , .GP16
顶丝印层Top Overlay : .GTO
底丝印层Bottom Overlay : .GBO
顶掩膜层Top Paste Mask : .GTP
底掩膜层Bottom Paste Mask : .GBP
Top Solder Mask : .GTS
Bottom Solder Mask : .GBS
Keep-Out Layer : .GKO
Mechanical Layer 1, 2, ... , 16 : .GM1, .GM2, ... , .GM16
Top Pad Master : .GPT
Bottom Pad Master : .GPB
Drill Drawing, Top Layer - Bottom Layer (Through Hole) : .GD1
Drill Drawing, other Drill (Layer) Pairs : .GD2, .GD3, ...
Drill Guide, Top Layer - Bottom Layer (Through Hole) : .GG1
Drill Guide, other Drill (Layer) Pairs : .GG2, .GG3, ...
Protel 99 SE所提供的工作层大致可以分为7类:Signal Layers (信号层)、InternalPlanes(内部电源/接地层)、Mechanical Layers(机械层)、Masks(阻焊层)、Silkscreen(丝印层)、Others(其他工作层面)及System(系统工作层)，在PCB设计时执行菜单命令[Design]设计/[Options...]选项 可以设置各工作
层的可见性。
1.Signal Layers(信号层)
Protel 99 SE提供有32个信号层，包括[TopLayer](顶层)、[BottomLayer](底层)、[MidLayer1](中间层1)、[MidLayer2] (中间层2)……[Mid Layer30](中间层30)。信号层主要用于放置元件(顶层和底层)和走线。信号层是正性的，即在这些工作层面上放置的走线或其他对象是覆铜的区域。
2.InternalPlanes(内部电源/接地层)
Protel 99 SE提供有16个内部电源/接地层(简称内电层):
[InternalPlane1]—[InternalPlane16]，这几个工作层面专用于布置电源线和地线。放置在这些层面上的走线或其他对象是无铜的区域，也即这些工作层是负性的。
每个内部电源/接地层都可以赋予一个电气网络名称，印制电路板编辑器会自动地将这个层面和其他具有相同网络名称(即电气连接关系)的焊盘，以预拉线的形式连接起来。在Protel 99 SE中。还允许将内部电源/接地层切分成多个子层，即每个内部电源/接地层可以有两个或两个以上的电源，如+5V和+l5V等等。
3.Mechanical Layers(机械层)
Protel 99 SE中可以有16个机械层:[Mechanical1]— [Mechanical16]，机械层一般用于放置有关制板和装配方法的指示性信息，如电路板物理尺寸线、尺寸标记、数据资料、过孔信息、装配说明等信息。
4.Masks(阻焊层、锡膏防护层)
在Protel 99 SE中，有2个阻焊层:[Top Solder](顶层阻焊层)和(Bottom Solder](底层阻焊层)。阻焊层是负性的，在该层上放置的焊盘或其他对象是无铜的区域。
通常为了满足制造公差的要求，生产厂家常常会要求指定一个阻焊层扩展规则，以放大阻焊层。对于不同焊盘的不同要求，在阻焊层中可以设定多重规则。
Protel 99 SE还提供了2个锡膏防护层，分别是[Top Paste](顶层锡膏防护层)和(Bottom Paste](底层锡膏防护层)。锡膏防护层与阻焊层作用相似，但是当使用"hot re-follow"(热对流)技术来安装SMD元件时，锡膏防护层则主要用于建立阻焊层的丝印。该层也是负性的。
与阻焊层类似，我们也可以通过指定一个扩展规则，来放大或缩小锡膏防护层。对于不同焊盘的不同要求，也可以在锡膏防护层中设定多重规则。
5.Silkscreen(丝印层)
Protel 99 SE提供有2个丝印层，[Top Overlay](顶层丝印层)和[Bottom Overlay](底层丝印层)。丝印层主要用于绘制元件的外形轮廓、放置元件的编号或其他文本信息。在印制电路板上，放置PCB库元件时，该元件的编号和轮廓线将自动地放置在丝印层上。
6.Others(其他工作层面)
在Protel 99 SE中，除了上述的工作层面外，还有以下的工作层：
[KeepOutLayer](禁止布线层)
禁止布线层用于定义元件放置的区域。通常，我们在禁止布线层上放置线段(Track)或弧线(Arc)来构成一个闭合区域，在这个闭合区域内才允许进行元件的自动布局和自动布线。
注意：如果要对部分电路或全部电路进行自动布局或自动布线，那么则需要在禁止布线层上至少定义一个禁止布线区域。
[Multi layer](多层)
该层代表所有的信号层，在它上面放置的元件会自动地放到所有的信号层上，所以我们可以通过[MultiLayer]，将焊盘或穿透式过孔快速地放置到所有的信号层上。
[Drill guide](钻孔说明)
[Drill drawing](钻孔视图)
Protel 99 SE提供有2个钻孔位置层，分别是[Drill guide](钻孔说明)和[Drill drawing](钻孔视图)，这两层主要用于绘制钻孔图和钻孔的位置。
[Drill Guide]主要是为了与手工钻孔以及老的电路板制作工艺保持兼容，而对于现代的制作工艺而言，更多的是采用[Drill Drawing]来提供钻孔参考文件。
我们一般在[Drill Drawing]工作层中放置钻孔的指定信息。在打印输出生成钻孔文件时，将包含这些钻孔信息，并且会产生钻孔位置的代码图。它通常用于产生一个如何进行电路板加工的制图。
这里提醒大家注意:
(1)无论是否将[Drill Drawing]工作层设置为可见状态，在输出时自动生成的钻孔信息在PCB文档中都是可见的。
(2)[Drill Drawing]层中包含有一个特殊的".LEGEND"字符串，在打印输出的时候，该字符串的位置将决定钻孔制图信息生成的地方。
7、System（系统工作层）
[DRC Errors](DRC错误层)
用于显示违反设计规则检查的信息。该层处于关闭状态时，DRC错误在工作区图面上不会显示出来，但在线式的设计规则检查功能仍然会起作用。
[Connections](连接层)
该层用于显示元件、焊盘和过孔等对象之间的电气连线，比如半拉线(Broken Net Marker)或预拉线(Ratsnest)，但是导线(Track)不包含在其内。当该层处于关闭状态时，这些连线不会显示出来，但是程序仍然会分析其内部的连接关系。
[Pad Holes](焊盘内孔层)
该层打开时，图面上将显示出焊盘的内孔。
[Via Holes](过孔内孔层)
该层打开时，图面上将显示出过孔的内孔。
[Visible Grid 1](可见栅格1)
[Visible Grid 2](可见栅格2)
这两项用于显示栅格线，它们对应的栅格间距可以通过如下方法进行设置:执行菜单命令[Design]/[Options...]，在弹出的对话框中可以在[Visible 1]和[Visiblc 2]项中进行可见栅格间距的设置。
同时，对于各层的功能简要说明如下：
1.TopLayer元件层、BottomLayer布线与插件式元件的焊接层、MidLayerx中间层，这几层是用来画导线或覆铜的（当然还有TopLayer、BottomLayer的SMT贴片器件的焊盘PAD）；
2.Top Solder、Bottom Solder、Top Paste、Bottom Paste，这四层是与穿越两层以上器件PAD相关的；一般Paste层留的孔会比焊盘小（Paste表面意思是指焊膏层，就是说可以用它来制作印刷锡膏的钢网，这层只需要露出所有需要贴片焊接的焊盘，并且开孔可能会比实际焊盘小）；然后，要往PCB版上刷绿油（阻焊）吧，这就是Solder层，Solder层要把PAD露出来吧，这就是我们在只显示Solder层时看到的小圆圈或小方圈，一般比焊盘大（Solder表面意思是指阻焊层，就是用它来涂敷绿油等阻焊材料，从而防止不需要焊接的地方沾染焊锡的，这层会露出所有需要焊接的焊盘，并且开孔会比实际焊盘要大）；这几层一般为黄色（铜）或白色（锡）；
3.Top Overlay、Bottom Overlay，丝印层，PCB表面的文字或电阻电容符号或器件边框等，一般为黄色（对于protel DXP2004版本是这样的）；
4.Keepout，画边框，确定电气边界；
5.Mechanical layer，真正的物理边界，定位孔的就按照Mechanical layer的尺寸来做的，但PCB厂的工程师一般不懂这个。所以最好是发给PCB厂之前将keepout layer层删除；
6.Multi Layer，贯穿各层的，像过孔（到底层或顶层的过孔VIA也有Solder和Paste）；
7.Drill guide、Drill drawing，钻孔层；