PROTEL99的电性图层分为两种，打开一个PCB设计文档按，快捷键L，出现图层设置窗口。左边的一种（SIGNALLAYER)为正片层，包括TOPLAYER、BOTTOMLAYER和MIDLAYER，中间的一种(INTERNALPLANES)为负片层，即INTERNALLAYER。这两种图层有着完全不同的性质和使用方法。
正片层一般用于走纯线路，包括外层和内层线路。负片层则多用来做地层和电源层。因为在多层板中的地层和电源层一般都是用整片的铜皮来作为线路（或做为几个较大块的分割区域），如果用MIDLAYER即正片层来做的画则必须用铺铜的方式来实现，这样将使整个设计数据量非常大，不利于数据交流传递，且会影响设计刷新速度。而用负片则只需在外层与内层的连接处生成一个花孔（THERMALPAD）即可，对于设计和数据传递都非常有利。
内层的添加与删除
在一个设计中，有时会遇到变换板层的情况。如把较复杂的双面板改为四层板，或把对信号要求较高的四层板升级为六层板等等。这时需要新增电气图层，可以如下*作：
DESIGN-LAYERSTACKMANAGER,在左边有当前层叠结构的示意图。点击想要添加新层位置的上面一个图层，如TOP,然后点击右边的ADDLAYER(正片）或ADDPLANE(负片），即可完成新图层的添加。
注意如果新增的图层使PLANE(负片）层的话，一定要给这个新层分配相应的网络（双击该层名）!这里分配的网络只能有一个（一般地层分配一个GND就可以了），如果想要在此层（如作为电源层）中添加新网络，则要在后面的操作中做内层分割才能达到，所以这里先分配一个连接数量较多的网络即可。
如点击ADDLAYER则会新增一个MIDLAYER（正片），应用方法和外层线路完全相同。
如果想应用混合电气层，即既有走线又有电源地大铜面的方法，则必须使用ADDLAYER来生成的正片层来设计（原因见下）。
内电层的分割
如果在设计中有不只一组电源，那可以在电源层中使用内层分割来分配电源网络。这里要用到的命令是：
PLACE-SPLITPLANE,在出现的对话框中设定图层，并在CONNECTTONET处指定此次分割要分配的网络，然后按照铺铜的方法放置分割区域。放置完成后，在此分割区域中的有相应网络的孔将会自动生成花孔焊盘，即完成了电源层的电气连接。可以重复操作此步骤直到所有电源分配完毕。当内电层需要分配的网络较多时，做内层分割比较麻烦，需要使用一些技巧来完成。
此处还需要注意一个问题：PROTEL中有两种大铜皮的电气连接方式（不包括PLACEFILL),一种为POLYGONPLANE,即普通的覆铜，此命令只能应用于正片层，包括TOP/BOT/MIDLAYER，另一种为SPLITPLANE,即内电层分割，此命令只能应用于负片层即INTERNALPLANE。应注意区分这两个命令的使用范围。
修改分割铺铜的命令：EDIT-MOVE-SPLITPLANEVERTICES