由于多层电路板中层数众多，用户对PCB层的校准要求越来越高。通常，层之间的对准公差控制在75微米。考虑到多层电路板单元尺寸大、图形转换车间环境温湿度大、不同芯板不一致性造成的位错重叠、层间定位方式等，使得多层电路板的对中控制更加困难。
2、内部电路制作的难点
多层电路板采用高TG、高速、高频、厚铜、薄介质层等特殊材料，对内部电路制作和图形尺寸控制提出了很高的要求。例如，阻抗信号传输的完整性增加了内部电路制造的难度。
宽度和线间距小，开路和短路增加，短路增加，合格率低;细线信号层多，内层AOI泄漏检测概率增加;内芯板薄，易起皱，曝光不良，蚀刻机时易卷曲;高层plate多为系统板，单位尺寸较大，且产品报废成本较高。
3、压缩制造中的难点
许多内芯板和半固化板是叠加的，在冲压生产中容易出现滑板、分层、树脂空隙和气泡残留等缺陷。在层合结构的设计中，应充分考虑材料的耐热性、耐压性、含胶量和介电厚度，制定合理的多层电路板材料压制方案。
由于层数多，膨胀收缩控制和尺寸系数补偿不能保持一致性，薄层间绝缘层容易导致层间可靠性试验失败。
4、钻孔制作难点
采用高TG、高速、高频、厚铜类特殊板材，增加了钻孔粗糙度、钻孔毛刺和去钻污的难度。层数多，累计总铜厚和板厚，钻孔易断刀；密集BGA多，窄孔壁间距导致的CAF失效问题；因板厚容易导致斜钻问题。